José Kalinowski, nace en Vilna (Lituania) el 1 de septiembre de 1835, hijo de André Kalinowski y Josefina Polonska, nobles católicos.
Estudia en la academia militar de san Petersburgo, con buenos resultados, pero a causa de la insurrección de su país frente a la ocupación rusa, decide dejar el ejército y aunque, por sus conocimientos, sabe que el éxito de la insurrección es imposible, decide ayudar a sus compatriotas, acepta el cargo de ministro de la guerra y evita en lo posible el mayor derramamiento de sangre.
En marzo de 1864 es arrestado y se le condena a la pena capital, que es conmutada por 10 años de trabajos forzados en Siberia. Con un crucifijo y la Imitación de Cristo, sale para Siberia y tras 9 meses de durísimo viaje, llega con los supervivientes a las riberas del lago Bajkal.
En aquellas circunstancias especialmente duras, demostró una gran entereza y caridad, soportando los sufrimientos y las incomodidades, compartiendo con los demás lo que tenía, y podían enviarle sus familiares: «Lo escribo claramente, la miseria aquí es grande; encontrar dinero en la patria es siempre más fácil que en Siberia. Me es inconcebible ser indiferente».
Con los años, se le libera de los trabajos forzados, y el 2 de febrero de 1874 le conceden la libertad, aunque tiene prohibido volver a vivir en Lituania. Aceptó entonces el puesto de tutor de Augusto Czartoryski, de 16 años, que vivía la mayor parte del tiempo en París.
El 15 de julio de 1877, entra en el convento carmelita de Grantz, con el nombre de Rafael de San José. Pronuncia sus primeros votos el 26 de noviembre de 1878 y parte hacia Hungría para estudiar filosofía y teología en el convento de Raab. El 27 de noviembre de 1881, pronuncia sus votos perpetuos y es enviado a Polonia al convento de Czerna donde es ordenado sacerdote el 15 de enero de 1882 y en un año le dieron responsabilidades de gobierno.
Reorganiza la Orden en Polonia y la tercera orden seglar. Publica algunas biografías. En 1906, toma la dirección del colegio de teología en Wadowice. Es apreciado por todos como director espiritual y confesor. Se dedica con especial interés a tratar a sus hermanas carmelitas descalzas con gran entrega.
Muere el 15 de noviembre de 1907 en Wadowice. Fue beatificado en Cracovia el 22 de junio de 1983 por el Papa Juan Pablo II y canonizado en Roma el 17 de noviembre de 1991. Su fiesta fue fijada el 19 de noviembre.
En su vida, destacan de forma especial el espíritu de caridad y el espíritu de reconciliación, junto con la entrega que desarrolló en la formación especialmente de los jóvenes.
Enseña a tener el coraje de perseverar en la fe y de confiar en las dificultades; también que solamente a la luz de la reconciliación proveniente de Dios se puede avanzar hacia el encuentro con el hombre y hacia el perdón. Y que para poder perdonar, hay que saberse perdonado.
Poseía un carácter abierto, pleno de cordialidad. De su permanencia en Siberia, regresó convencido de la necesidad de dedicarse a la juventud, puesto que, en esta etapa de la vida, el aprendizaje es configurador de la persona y se decide el futuro. Buscaba ante todo una formación integral del ser humano; le movía un interés espiritual e intelectual.
Su vida fue iluminada por el evangelio y la persona de Jesús.
Es invocado como patrón de siberianos, educadores, ferroviarios, ingenieros y jóvenes.